La noticia de que Guatemala había proclamado la separación de España el 15 de septiembre de 1821, la Diputación Provincial de Comayagua proclamó la independencia de Honduras de la Monarquía española el 28 de setiembre de 1821.

Posteriormente Honduras pasó a formar parte del imperio mexicano de Agustín de Iturbide, hecho que duró hasta la formación de la República Federal de Centroamérica en 1823.

Entre las figuras más relevantes de la historia centroamericana de la época federal figuraron los hondureños José Cecilio del Valle, redactor del Acta de Independencia suscrita en Guatemala el 15 de setiembre de 1821 y canciller de México en 1823, y Francisco Morazán, Presidente federal de 1830 a 1834 y de 1835 a 1839, cuya figura encarna el ideal unionista centroamericano.

Al poco tiempo, las diferencias sociales y económicas entre Honduras y sus vecinos regionales exacerbaron la áspera lucha partidista entre líderes centroamericanos y trajeron consigo el colapso de la Federación en 1838 – 1839. El Gral. Francisco Morazán —un héroe hondureño nacional— condujo los esfuerzos fracasados para mantener la federación. Restaurar la unidad centroamericana fue el objetivo oficialmente indicado como principal en la política exterior hondureña hacia el final de la Primera Guerra Mundial.

1838-1963

Honduras se separó de la Federación centroamericana en octubre de 1838 y se convirtió en Estado soberano e independiente. Sin embargo, en los decenios de 1840 y 1850 participó en varios intentos por restablecer la unidad centroamericana, que no dieron resultado, tales como la Confederación de Centroamérica (1842-1845), el pacto de Guatemala (1842), la Dieta de Sonsonate (1846), la Dieta de Nacaome (1847) y la Representación Nacional de Centroamérica (1849-1852).

Posteriormente adoptó el título de República de Honduras. No obstante, el ideal unionista nunca se abandonó, y Honduras fue uno de los países centroamericanos que procuraron con mayor interés el restablecimiento.