Carlos Roberto Flores Facusse tomó posesión del cargo el 27 de enero de 1998, siendo el quinto Presidente hondureño decidido democráticamente, ya que las elecciones libres fueron restauradas en 1981.

Como tres de sus cuatro precursores, incluso su precursor inmediato, Flores es miembro del Partido Liberal. Él fue elegido con un 10% de margen sobre su opositor principal – Nora de Melgar, candidato del Partido Nacional – en elecciones libres, justas y pacíficas el 30 de noviembre de 1997.

Estas elecciones, probablemente las más limpias en la historia hondureña, reflejaron la madurez de las instituciones democráticas de Honduras. Al tomar posesión del cargo el 27 de enero de 1998, Flores inauguró programas de reforma y modernización del Gobierno hondureño y de la economía, con énfasis en la ayuda a los pobres de Honduras, manteniendo la salud fiscal del país y mejorando el espíritu competitivo internacional.

En octubre de 1998, el Huracán Mitch devastó Honduras, dejando a su paso a más de 5.000 personas muertas y 1,5 millones de desplazados. Los daños sumaron casi 3 mil millones de dólares.

Las ayudas internacionales sirvieron para asistir en la reconstrucción de las infraestructuras del país; mediante el Proceso denominado de «Auditoria Social» conducido por el Comisionado Nacional de los Derechos Humanos, (Ombudsman) sobre la base de una sistematica investigacion y las pruebas sustentadas quedo seriamente cuestionada la transparencia del uso de la ayuda internacional por parte del Gobierno, durante la catastrofe.