A pesar de las reformas económicas de la Administración Callejas, la insatisfacción pública por el coste de la vida y por la corrupción aparentemente extendida del gobierno condujo a los votantes en 1993 a elegir por un 56% del voto al candidato del Partido Liberal, Carlos Roberto Reina, venciendo al candidato del Partido Nacional, Oswaldo Ramos Soto.

El presidente Reina, encabezando una plataforma que pide «una Revolución Moral,» persigue activamente a la corrupción y a los responsables de la violación de los derechos humanos en los años 1980. Él creó un ministerio de Justicia moderno y una policía investigadora. Fue el principio real de institucionalización de la ley en Honduras.

El sello de Reina era su esfuerzo acertado para aumentar el control civil sobre las fuerzas armadas, generando un período de cambio fundamental en las relaciones entre civiles y militares en Honduras.

Los logros importantes – incluso la abolición del poder militar y el traspaso de la legislación que transfiere la policía nacional de militares a autoridad civil- han acercado las relaciones civiles y militares a un equilibrio normal en una democracia constitucional.

Además, el Presidente Reina en 1996 nombró a su propio Ministro de Defensa, rompiendo el precedente de aceptar al candidato de las Fuerzas Armadas.

Reina restauró la salud fiscal en Honduras. Después de un principio complicado en 1994-95, la administración de Reina aumentó considerablemente las reservas internacionales netas del Banco Central, redujo la inflación al 12,8% anual, restauró un sano crecimiento económico (aproximadamente el 5% en 1997) y redujo los gastos más importantes para conseguir un 1,1% de déficit del sector público no financiero.