El Liberal Carlos Roberto Flores Facussé asumió el cargo en 1998. Flores inauguró programas de reforma y modernización del gobierno hondureño y la economía, con énfasis en ayudar a Honduras «los ciudadanos más pobres, mientras que el mantenimiento de la salud fiscal del país y la mejora de la competitividad internacional.

En octubre de 1998, el huracán Mitch devastó Honduras, dejando a más de 5.000 muertos y 1,5 millones de personas afectadas en gran parte perdieron sus pertenencias. Los daños ascendieron a casi US $ 3 mil millones.

Ricardo Maduro Joest del Partido Nacional ganó las elecciones presidenciales de 2001, y fue inaugurado en 2002.


El primer acto de Maduro como Presidente fue el despliegue de una fuerza militar-policial a las calles para permitir que las patrullas de barrio en general en la actual luchen por los problemas de la delincuencia y las pandillas en el país.

Maduro fue un firme partidario de la guerra global contra el terrorismo y se unió a la coalición encabezada por Estados Unidos en Irak con una contribución de 11 meses de 370 efectivos.

En virtud de la orientación del Presidente Maduro, Honduras también hizo la negociación y ratificación de la US-Acuerdo Centroamericano de Libre Comercio (CAFTA), recibió el alivio de la deuda, se convirtió en el primer país latinoamericano en firmar un pacto de Cuenta del Desafío del Milenio con los EE.UU., promover activamente una mayor integración centroamericana .