Entre 1963 y 1980 los militares irrumpen en el gobierno formando las juntas militares eliminando el proceso democrático, desde 1980 a 2007 se ha mantenido el estado democrático.

El 3 de octubre de 1963, los militares conservadores se adelantaron a las elecciones constitucionales y depusieron a Ramón Villeda Morales, que estaba a punto de terminar su período, en un golpe de estado sangriento.

La intención era prevenir que el Dr. Modesto Rodas Alvarado, candidato del Partido Liberal, ganara, pues era considerado el ganador de las elecciones un gran número de terratenientes y lacayos de las compañías bananeras de los Estado Unidos se le oponían. Estos oficiales desterraron a los miembros del Partido Liberal y tomaron el control de la policía nacional.

En julio de 1969 Honduras fue invadida por El Salvador en la Guerra Corta de Fútbol.

Un presidente civil —Ramón Cruz, Nacional— asumió el poder brevemente en 1970, pero se demostró incapaz de manejar el gobierno como el jefe de las fuerzas armadas quería y fue depuesto sin mucho incidente. Honduras disfrutó de su crecimiento económico más rápido durante este período, debido a una mayor demanda internacional de sus productos y la disponibilidad de crédito comercial.